1. 企业层次不同
精选层要求企业经营业绩突出或者创新能力强，达到较高的公众化水平；创新层要求企业具备较好的财务状况，或较高的市场认可度，达到一定的公众化水平。
2. 投资者门槛不同
创新层对投资者的要求相对较高，前10个交易日账户资产日均不低于100万元；精选层的门槛更高，要求账户资产不低于50万元。
3. 交易机制不同
创新层采用集合竞价交易方式，每10分钟撮合一次；而精选层采用连续竞价交易方式，有助于提高交易效率和流动性。
4. 北交所的设立
北交所是原新三板的精选层重新更名设计而组建的新证券交易所，不包含原来新三板的基础层和创新层。这提升了精选层的市场地位和功能，并为创新型企业提供更好的成长环境。
5. 新三板分层制度
新三板通过分层制度将挂牌公司按照一定标准划分为不同层次，包括基础层、创新层和精选层。每个层次都有不同的要求和级别，以满足不同类型企业的需求和发展。